Eric Bailly gia nhập Man United từ Villareal vào mùa hè năm 2016 và nhanh chóng khẳng định được vị trí của mình.

CLB Espanyol của TBN là CLB đầu tiên phát hiện ra tài năng của Eric Bailly vào một giải đấu trẻ được tổ chức ở Burkina Faso. Bailly đã ký hợp đồng với Espanyol vào tháng 12/2011, gia nhập hệ thống đào tạo trẻ của đội bóng vào năm 17 tuổi và phải đợi thêm 10 tháng trước khi có giấy phép lao động để chính thức ra sân cho đội bóng.

Chàng trung vệ trẻ thi đấu cho đội Espanyol B với cái tên Eric Bertrand trước khi quyết định đổi sang họ của mẹ là Bailly, phong độ cao đã giúp cho Bailly trở thành trái tim nơi hàng phòng ngự của Espanyol trước khi chuyển sang Villarreal tháng 1/2015.

Cùng năm đó, Bailly chính là người đã thực hiện thành công pha đá phạt đền cuối cùng giúp đội tuyển Bờ Biển Ngà lên ngôi vô địch CAN. Quay trở lại Villarreal, sau khởi đầu chậm chạp, Bailly dần khẳng định được mình, những pha xoạc bóng quyết liệt mà không kém phần chính xác của trung vệ này đã giúp Tàu Ngầm Vàng kết thúc mùa giải ở vị trí thứ 4 trên BXH và tiến đến bán kết Europa League.

Bailly chuyển đến sân Old Trafford vào mùa giải 2016/2017 và nhanh chóng thể hiện được tài năng của mình khi có đến 38 lần ra sân ngay trong mùa giải đầu tiên ở đội bóng mới, chủ yếu là ở vị trí trung vệ và hậu vệ phải.

Đáng tiếc Bailly đã phải vắng mặt trong trận chung kết Europa League năm đó cùng United vì chấn thương nhưng cầu thủ này cũng đã cùng đội bóng đánh bại Southampton trước đó để vô địch League Cup.

Những pha xoạc bóng mạnh mẽ của Bailly đã khiến cầu thủ này được yêu thích ở Manchester, nhưng khả năng xử lý bóng và đọc tình huống mới giúp cho tài năng của Bailly thực sự đặc biệt.

Chấn thương đã khiến cho mùa giải 2017/2018 của Bailly liên tục bị gián đoạn, nhưng khi lành lặn, Bailly luôn là sự lựa chọn hàng đầu, bằng chứng là bàn thắng đầu tiên của trung vệ này cho Quỷ Đỏ trong chiến thắng 4-0 trước Swansea.

Mùa giải 2018/2019 tiếp tục là mùa giải đáng quên của Bailly khi trung vệ này chỉ có 18 lần ra sân trên tất cả các mặt trận khi liên tục bị quấy rầy bởi các chấn thương, bị thẻ đỏ trong trận đấu với Bournemouth vào tháng 12 và đánh mất vị trí chính thức vào tay cặp đôi Victor Lindelof và Chris Smalling.
Chấn thương đầu gối trong trận đấu với Chelsea năm đó đã kết thúc mùa giải của Bailly, đồng thời khiến cho trung vệ này vắng mắt trong giải đấu CAN năm đấy cùng đội tuyển Bờ Biển Ngà.

Vào tháng 7/2019, ở giải đấu giao hữu International Champions Cup chuẩn bị mùa giải năm nay, Bailly đã bị chấn thương đầu gối trong trận đấu với Tottenham. Cầu thủ này đã phải phẫu thuật, ngồi ngoài 4 tháng và mới trở lại thi đấu trong thời gian gần đây.